基督教自传入中国之后一直处于与中国传统文化的矛盾冲突之中。1922年因反对世界基督教学生同盟在北京召开第11届大会，上海的学生成立了“非基督教学生同盟”，于3月9日发表《非基督学生同盟宣言》，在指出宗教的虚伪、迷信等弊病后，认为：“各种宗教都有这些同样的罪恶，而基督教组织强大，其为害特深广，所以我们应该特别反对基督教。”3月21日以李大钊为首的77位学者联名在北京宣布成立“非宗教大同盟”，发表宣言称：“我们自誓为人类社会扫除宗教的毒害，我们深恶痛绝宗教之流毒于人类社会，十百千倍于洪水猛兽。有宗教可无人类，有人类可无宗教。宗教与人类，不能两立。”陈独秀在《先驱》的“非基督教学生同盟号”上发表《基督教和基督教会》一文，列举基督教教会的种种罪恶，抨击基督教会是帝国主义殖民政策的导引，是资本主义压迫远东弱小民族的帮凶，指出：“博爱，牺牲，自然是基督教教义中至可宝贵的成分；但是在现在帝国主义资本主义的侵略之下，我们应该为什么人牺牲，应该爱什么人，都要有点限制才对，盲目的博爱牺牲反而要造罪孽。”1922年的非基督教同盟运动，显然带着五四以后强烈的反帝意识和民族意识。
    以客观辩证的眼光观之，我们不能把帝国主义与基督教完全混为一谈，然而，近代以来以不平等条约为前提的基督教传入、基督教文化与中国传统文化礼仪的冲突、传教士和教民在中国的滥用特权等，都使人们对教会产生极大的反感，导致了反教运动和教案迭起，在中国现代作家的笔下也展示了在这种感情主导下的对教会的阴暗面的揭露、对传教士和教徒虚伪卑劣行径的针砭：鲁迅批判中世纪基督教对科学精神、思想自由的压抑，否定基督教的创世说、天国说、神迹说等教义(《科学史教篇》、《摩罗诗力说》、《文化偏至论》)；周作人针砭基督教的禁欲思想，尤其憎恶基督教对妇女的歧视与轻蔑(《欧洲古代文学上的妇女观》、《香园》、《妇女问题与东方文明》)；张资平刻意勾勒神职人员的伪善卑劣，揭露基督教会中的腐败阴暗(《冲积期化石》、《上帝的儿女们》、《她怅望着祖国的天野》、《公债委员》、《梅岭之春》)；郭沫若着力嘲讽基督教义的不适时宜，批判基督教的爱富嫌贫(《双簧》、《一只手》)；老舍努力讥刺外国传教士的狡黠虚伪，抨击吃洋教者的仗势欺人(《正红旗下》、《二马》、《老张的哲学》)；萧乾全力揭露传教士的虚伪险毒，揭示他们对中国人灵魂的毒害(《皈依》、《昙》、《鹏程》、《参商》)。中国现代作家大多将基督教的教义与教会分开看待，他们常常着意揭露教会的腐败阴暗，但他们并不完全否定基督教的教义，陈独秀在“非基督教同盟运动”中写的《基督教与基督教会》一文中，就开门见山地说：“我们批评基督教，应该分基督教(即基督教教义)与基督教教会两面观察。”鲁迅在《科学史教篇》、《摩罗诗力说》中都盛赞希伯来宗教文化的幽邃庄严影响深远。周作人则在《圣书与中国文学》中指出：“现代文学上的人道主义思想，差不多也都从基督教精神出来，又是很可注意的事。”张资平肯定基督教教义的合理性，提倡对基督教的教义要有自己的理解，不要盲从盲信，不能做教会的奴隶。郭沫若将希伯来的《旧约》看作永远是世界文学宝库的瑰宝，曾把《新旧约全书》当作日课诵读。老舍把《新约》中的《启示录》视为十分重要的文学书，他崇尚基督的与人为善拯救世人的精神。萧乾“始终认为《圣经》本身则是一部了不起的大书”，并“深深景仰”“耶稣这一富于革新精神的历史人物”。朱维之在其《基督教与文学》一书的导言中说：“中
国固然已有悠久的文化历史，有特殊的、丰富的文学遗产，但那只是旧时代底贡献，祖宗底努力。现在我们成了新世界底一环时极需新的精神，新的品格，新的作风，来作新的文学贡献，新文学中单有异教的现实是不够的，我们更需要基督教底精神原素。”(朱维之.基督教与文学.上海：上海书店，1992.6)中国现代作家虽然在其创作中揭露教会的罪恶，针砭传教士的虚伪卑劣，但他们仍从基督教文化中汲取基督教的精神原素，构成了中国现代文学中特有的文学现象。